Tým odborníků vytvořil program umožňující identifikaci a porovnávání sekvencí genomů zvířat. Díky tomuto vývoji bude možné sledovat blízkost jednoho druhu k ostatním v celkové hierarchii a také analyzovat změny, ke kterým došlo u zástupců různých druhů v průběhu evoluce.
Planetu Zemi obývají miliony různých druhů. Klíčové faktory, jako je vzhled, životní styl a stravovací návyky, jsou do značné míry určeny souborem genů. Variabilita těchto sad se značně liší podle počtu druhů, přičemž odborníci napočítali asi 20 000 kombinací různých genů ve všech druzích. Ukazuje se tedy, že se druhy liší nejen a ne tolik samotnými geny, ale spíše parametry jejich vzájemného umístění. Ve vědě existuje speciální termín syntologie, který označuje určitou sekvenci jednotlivých prvků v genomu.
Inženýrka Ksenia Krasheninnikova, jedna z tvůrců projektu, uvádí příklad goril a šimpanzů, kteří mají identickou sadu genů, ale liší se od sebe právě odlišnými sekvencemi.
Aby bylo možné přesně zjistit, jaké jsou rozdíly mezi strukturami genomů, musí odborníci nejprve najít tyto odlišnosti. Nelze to provést ručně, protože je třeba zpracovat příliš mnoho dat. Proto se vědci snaží vytvořit speciální programy, které usnadňují a optimalizují proces výběru.
Novinka s názvem halSynteny se podle vývojářů vyznačuje vyšší rychlostí zpracování dat než předchozí systémy. Kromě toho může program pracovat ve dvou formátech současně.
Ke zvýšení rychlosti přispívá zásadně odlišný přístup k vyhledávání syntenických sekvencí. Obvykle metody využívají předběžnou anotaci, ale v případě halSynteny zahrnují techniku zarovnávání, při níž se porovnávají různé úseky jednoho souboru genů s ostatními. V důsledku toho jsou zdůrazněny podobnosti a na jejich základě jsou vyvozeny závěry o rozdílech.
Software využívá programovací jazyk C++ a má vyšší výkon, takže všechny výpočty jsou několikanásobně rychlejší než u jiných metod.
Jakým způsobem nový systém usnadňuje práci genetickým inženýrům?